El rodaje de Querelle planteó no pocos problemas: en primer lugar, algunos de los actores de talla internacional que figuraban en el reparto se mostraban reacios a rodar algunas de las escenas más comprometidas. Brad Davis, que daba vida al marinero protagonista, hizo saber a Fassbinder en alguna ocasión que no era partidario de la crudeza de algunas secuencias que iba a protagonizar, y Franco Nero se negó a dar a Querelle el beso final en la boca, siendo sustituido por un abrazo. También hubo dificultades con el guión y su co-autor Burkhard Driest, que daba vida al policía corrupto del Feria: quería introducir numerosos primeros planos de penes erectos a lo largo de la película, pero Fassbinder se negó en rotundo afirmando que la visión de la homosexualidad que planteaba era demasiada barata para su gusto. Por último, hacia el final del rodaje, Rainer se empeñó en reducir el calendario previsto en tres días e imprimió un ritmo frenético que hubo de ser seguido por todos los componentes del equipo: se puso a dirigir prácticamente de memoria e improvisó cambios en el guión que no hacían más que confundir al cámara y a sus ayudantes. Dado que en el rodaje no se había seguido un orden cronológico, nadie en el plató era capaz de seguir lo que estaba haciendo. El último día de rodaje, mientras rodaba una escena tras otra, fue despidiendo a los actores una vez concluían sus intervenciones.

Pese a estos avatares, Fassbinder logró crear una obra radical, innovadora e inclasificable donde se daban cita la grandiosidad de los sentidos, la representación pura, una religiosidad mítica, una sensualidad colorífica que rayó el kitsch, unos gestos, unas miradas que siempre significaban algo más. Por todas estas razones, el Querelle de Fassbinder no admitía ni admite términos medios a la hora de ser valorado: o se le ama o se le odia. Íntegramente rodada en los estudios CCC de Berlin, en Scope y en inglés, el director dio lugar a una fantasía de estilo altamente expresionista sostenida por la teatralidad de las actuaciones de los actores; por un erotismo ante todo conceptual y nada explícito subrayado por la extrema dureza de los diálogos y por símbolos tales como afiladas navajas, pistolas y joyas en forma de anillos; por la inclusión continuada y aleatoria de intertítulos referidos directa o indirectamente a la película que funden al blanco (igual que en Effi Briest); por una fotografía casi pictórica de tonos ocres, anaranjados, pardos, que baña todo el film con su sensación crepuscular; por la abigarrada y espléndida partitura de Peer Raben; y por unos decorados de Rolf Zehetbauer que, caracterizados por una exagerada artificialidad, reproducen el encanto pecaminoso de un imaginario e irreal puerto de Brest flanqueado por torres en forma de falos y un faro-pene supradimensional.

​

La obra póstuma de Fassbinder es ante todo una gozosa expresión de libertad creativa que contiene frases casi premonitorias de la muerte de su autor. Viéndola, se tiene la sensación de que el personaje de Querelle o el omnipresente narrador hablan por boca de Fassbinder. Así, este último en en un determinado momento dice: "Querelle no se acostumbraba a la idea de ser un monstruo. A pesar de su juventud, conocía el horror de estar solo, atrapado en un mundo de seres vivos". Aunque Rainer tenía en los últimos años de su vida a su montadora Juliane Lorenz como pareja y continuó contando con una gran parte de su equipo, le aterraba la idea de verse sin nadie. De hecho, aun hallándose rodeado de tanta gente, tenía la sensación de estar solo, experimentaba la soledad del jefe o del guía que tiene que administrar la vida de muchos pero al que le resulta imposible -dada su responsabilidad- disfrutar de las vivencias, las circunstancias o la simple normalidad de aquéllos. Del mismo modo, hacia el final de la película, Querelle dice a Seblon: "Tengo una sensación de otoño, de heridas mortales, y he sido vencido, totalmente vencido, y mis pensamientos son tristes". A esas alturas, Fassbinder llevaba un tiempo padeciendo los efectos de los excesos cometidos durante años y, ante la imposibilidad de desprenderse de ellos, de dar marcha atrás, sabía que su organismo estaba prácticamente destruido por dentro y por fuera. El escrito sobre el acta de nacimiento de Querelle con que finaliza la película resulta realmente significativo: "...En los libros no se dice nada más de él: solamente que la fecha de su muerte se supone próxima".

​

Cuando fue estrenada en la Bienal de Venecia, fallecido ya su autor, provocó un enorme escándalo ante la dureza que desprendía la trama, y solo fue defendida por el director francés Marcel Carné, quien afirmó que algún día sería considerada y respetada como la auténtica obra de arte que es.

​